Heuristics for multiobjective multiple sequence alignment

Abbasi, Maryam; Paquete, Luís; Pereira, Francisco B.

doi:10.1186/s12938-016-0184-z

BioMedical Engineering OnLine

Table 1 Percentage with respect to the reference hypervolume indicator value for local search with different k-block neighborhood sizes and three starting alignments (Clustal Omega, Tcoffee and Rand) for each benchmark instance in dataset RV11. The results are averaged over 10 runs. See text for more details

From: Heuristics for multiobjective multiple sequence alignment

				\(k = \mathtt{Min}\)			\(k = \mathtt{Min}/2\)			\(k = \mathtt{Min}/4\)			\(k = \mathtt{Min}/8\)			\(k = \mathtt{Min}/16\)
id	m	Min	Max	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Init
22	4	63	205	0.86	0.77	0.90	0.81	0.67	0.90	0.86	0.64	0.89	0.83	0.52	0.71	0.72	0.45	0.55	0.14
25	4	64	103	0.53	0.84	0.84	0.54	0.76	0.86	0.51	0.72	0.86	0.53	0.64	0.74	0.48	0.55	0.49	0.28
29	4	81	138	0.69	0.81	0.85	0.67	0.85	0.88	0.69	0.85	0.87	0.65	0.82	0.85	0.65	0.72	0.81	0.35
1	4	83	91	0.17	0.27	0.35	0.17	0.25	0.35	0.16	0.24	0.34	0.13	0.26	0.34	0.10	0.28	0.33	0.20
9	4	97	337	0.61	0.87	0.78	0.61	0.71	0.67	0.60	0.51	0.44	0.59	0.40	0.22	0.53	0.30	0.10	0.19
21	4	102	139	0.51	0.91	0.86	0.54	0.86	0.90	0.53	0.78	0.81	0.54	0.72	0.76	0.52	0.61	0.72	0.18
8	4	104	540	0.79	0.89	0.84	0.79	0.89	0.82	0.79	0.76	0.86	0.80	0.49	0.81	0.74	0.33	0.75	0.03
17	4	247	264	0.37	0.90	0.88	0.33	0.90	0.91	0.33	0.85	0.88	0.31	0.82	0.84	0.27	0.74	0.78	0.36
15	4	297	327	0.46	0.92	0.87	0.44	0.93	0.89	0.53	0.89	0.93	0.49	0.88	0.94	0.45	0.90	0.92	0.38
12	4	320	397	0.38	0.91	0.87	0.36	0.92	0.90	0.44	0.91	0.90	0.36	0.87	0.87	0.36	0.84	0.82	0.33
24	4	372	465	0.50	0.89	0.83	0.50	0.90	0.90	0.50	0.80	0.76	0.52	0.74	0.73	0.51	0.66	0.68	0.17
4	4	390	456	0.35	0.91	0.85	0.36	0.91	0.88	0.36	0.90	0.89	0.35	0.84	0.85	0.35	0.76	0.77	0.23
3	4	414	516	0.43	0.92	0.88	0.42	0.90	0.90	0.41	0.89	0.90	0.42	0.86	0.90	0.42	0.84	0.88	0.38
10	4	490	492	0.03	0.95	0.85	0.03	0.91	0.84	0.03	0.80	0.82	0.01	0.72	0.80	0.01	0.67	0.73	0.25
13	5	51	101	0.69	0.80	0.83	0.69	0.81	0.87	0.69	0.72	0.83	0.66	0.70	0.80	0.63	0.58	0.67	0.06
35	5	71	138	0.72	0.84	0.81	0.71	0.85	0.79	0.74	0.85	0.80	0.74	0.76	0.79	0.67	0.62	0.77	0.14
11	5	160	242	0.54	0.94	0.87	0.54	0.94	0.90	0.52	0.92	0.90	0.50	0.80	0.85	0.53	0.69	0.76	0.10
37	5	335	1192	0.38	0.68	0.67	0.46	0.73	0.74	0.54	0.79	0.81	0.62	0.80	0.88	0.70	0.81	0.93	0.24
14	6	502	634	0.39	0.90	0.85	0.36	0.93	0.90	0.47	0.94	0.94	0.37	0.96	0.96	0.50	0.95	0.95	0.52
26	7	76	906	0.61	0.75	0.77	0.76	0.79	0.85	0.88	0.84	0.91	0.89	0.79	0.92	0.96	0.66	0.82	0.13
27	7	175	432	0.48	0.82	0.72	0.57	0.88	0.78	0.65	0.94	0.83	0.71	0.95	0.84	0.68	0.91	0.79	0.24
23	7	231	407	0.54	0.81	0.76	0.61	0.86	0.81	0.66	0.90	0.88	0.62	0.93	0.89	0.72	0.91	0.83	0.37
2	8	52	193	0.85	0.87	0.88	0.84	0.86	0.87	0.85	0.82	0.86	0.84	0.73	0.83	0.82	0.67	0.78	0.26
6	8	186	283	0.31	0.80	0.73	0.31	0.86	0.77	0.32	0.86	0.83	0.32	0.88	0.88	0.33	0.80	0.86	0.28
32	8	226	403	0.45	0.80	0.76	0.49	0.85	0.82	0.55	0.88	0.86	0.57	0.92	0.88	0.60	0.93	0.90	0.40
38	8	261	614	0.23	0.79	0.76	0.28	0.82	0.80	0.35	0.89	0.86	0.47	0.90	0.92	0.54	0.91	0.94	0.37
36	8	298	436	0.38	0.78	0.68	0.43	0.83	0.73	0.44	0.87	0.79	0.49	0.92	0.85	0.48	0.94	0.87	0.41
16	8	316	729	0.27	0.71	0.77	0.32	0.76	0.82	0.38	0.80	0.85	0.50	0.83	0.89	0.58	0.88	0.95	0.37
34	8	401	729	0.27	0.69	0.79	0.30	0.72	0.83	0.36	0.75	0.85	0.46	0.79	0.89	0.54	0.81	0.94	0.32
20	9	201	237	0.29	0.87	0.76	0.30	0.90	0.83	0.30	0.92	0.87	0.27	0.89	0.88	0.27	0.86	0.89	0.40
7	9	385	457	0.37	0.79	0.68	0.39	0.84	0.77	0.38	0.88	0.80	0.41	0.92	0.89	0.41	0.93	0.89	0.37
28	10	93	211	0.53	0.90	0.85	0.56	0.91	0.90	0.56	0.86	0.89	0.56	0.84	0.86	0.51	0.77	0.82	0.40
19	10	299	396	0.35	0.74	0.74	0.38	0.80	0.76	0.40	0.85	0.82	0.42	0.91	0.87	0.44	0.91	0.90	0.43
33	11	85	239	0.57	0.78	0.82	0.62	0.82	0.83	0.64	0.83	0.89	0.67	0.80	0.92	0.66	0.75	0.88	0.26
31	11	300	611	0.22	0.77	0.73	0.26	0.80	0.75	0.31	0.85	0.77	0.40	0.88	0.84	0.47	0.96	0.84	0.21
30	14	236	392	0.23	0.73	0.76	0.28	0.77	0.76	0.31	0.81	0.80	0.37	0.87	0.85	0.40	0.90	0.89	0.51
5	14	329	465	0.20	0.70	0.71	0.21	0.73	0.73	0.26	0.75	0.76	0.30	0.82	0.79	0.31	0.85	0.85	0.53
18	14	418	750	0.09	0.71	0.87	0.12	0.73	0.88	0.15	0.76	0.87	0.19	0.79	0.88	0.24	0.82	0.90	0.45

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ISSN: 1475-925X

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