Heuristics for multiobjective multiple sequence alignment

Abbasi, Maryam; Paquete, Luís; Pereira, Francisco B.

doi:10.1186/s12938-016-0184-z

BioMedical Engineering OnLine

Table 2 Percentage with respect to the reference hypervolume indicator value for local search for different k-block neighborhood sizes and starting solutions (Clustal Omega, Tcoffee and Rand) for each benchmark instancein dataset RV20. The results are averaged over 10 runs. See text for more details

From: Heuristics for multiobjective multiple sequence alignment

				\(k = \mathtt{Min}\)			\(k = \mathtt{Min}/2\)			\(k = \mathtt{Min}/4\)			\(k = \mathtt{Min}/8\)			\(k = \mathtt{Min}/16\)
id	m	Min	Max	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Clust	Tcoff	Rand	Init
20	16	74	697	0.73	0.90	0.27	0.72	0.90	0.28	0.68	0.86	0.34	0.60	0.86	0.29	0.54	0.82	0.34	0.27
1	16	247	527	0.95	0.60	0.16	0.95	0.56	0.19	0.88	0.53	0.22	0.82	0.47	0.18	0.73	0.34	0.17	0.50
2	20	52	1520	0.82	0.50	0.65	0.82	0.49	0.67	0.80	0.52	0.69	0.76	0.45	0.66	0.72	0.35	0.68	0.55
11	21	95	631	0.89	0.96	0.72	0.87	0.81	0.74	0.82	0.77	0.77	0.79	0.74	0.76	0.80	0.67	0.90	0.27
7	23	381	457	0.91	0.92	0.50	0.93	0.93	0.50	0.91	0.93	0.55	0.84	0.89	0.53	0.81	0.82	0.66	0.23
19	24	401	729	0.87	0.93	0.62	0.94	0.95	0.67	0.91	0.96	0.65	0.86	0.96	0.66	0.83	0.87	0.75	0.42
16	27	106	458	0.93	0.89	0.69	0.85	0.88	0.73	0.74	0.80	0.78	0.67	0.78	0.72	0.63	0.72	0.72	0.46
12	27	210	634	0.95	0.75	0.35	0.89	0.75	0.37	0.77	0.71	0.37	0.50	0.59	0.36	0.39	0.52	0.42	0.12
13	28	447	747	0.70	0.72	0.25	0.83	0.77	0.30	0.85	0.83	0.26	0.79	0.86	0.30	0.63	0.94	0.32	0.08
29	29	64	167	0.76	0.87	0.74	0.67	0.83	0.78	0.66	0.80	0.77	0.56	0.82	0.74	0.53	0.79	0.78	0.25
9	29	254	415	0.87	0.88	0.22	0.94	0.92	0.26	0.93	0.94	0.30	0.82	0.75	0.26	0.74	0.67	0.23	0.48
27	29	279	1052	0.75	0.62	0.28	0.83	0.70	0.31	0.84	0.76	0.36	0.88	0.83	0.32	0.87	0.87	0.45	0.35
10	29	577	1233	0.51	0.74	0.26	0.64	0.80	0.31	0.85	0.87	0.29	0.90	0.96	0.31	0.92	0.88	0.44	0.05
24	30	74	739	0.81	0.65	0.34	0.83	0.79	0.34	0.86	0.82	0.41	0.85	0.90	0.36	0.81	0.84	0.39	0.31
23	31	202	244	0.96	0.89	0.31	0.92	0.89	0.36	0.91	0.86	0.32	0.86	0.81	0.35	0.71	0.71	0.43	0.37
26	32	271	1016	0.78	0.64	0.44	0.84	0.73	0.47	0.85	0.83	0.45	0.87	0.86	0.49	0.76	0.85	0.59	0.34
35	35	226	982	0.69	0.83	0.24	0.73	0.64	0.27	0.76	0.68	0.32	0.85	0.72	0.24	0.81	0.73	0.37	0.25
15	37	54	274	0.71	0.85	0.77	0.80	0.94	0.80	0.58	0.94	0.83	0.48	0.86	0.81	0.45	0.80	0.79	0.03
38	42	79	199	0.91	0.95	0.73	0.87	0.94	0.76	0.76	0.84	0.81	0.65	0.74	0.74	0.62	0.69	0.84	0.52
5	42	343	474	0.49	0.87	0.43	0.57	0.91	0.44	0.63	0.93	0.50	0.65	0.94	0.47	0.64	0.97	0.60	0.11
17	45	509	713	0.54	0.76	0.74	0.62	0.81	0.78	0.69	0.89	0.74	0.81	0.97	0.74	0.75	0.99	0.76	0.31
30	47	76	155	0.49	0.84	0.18	0.55	0.88	0.20	0.54	0.83	0.27	0.52	0.76	0.19	0.51	0.83	0.27	0.30
33	48	81	155	0.93	0.87	0.57	0.89	0.82	0.58	0.78	0.79	0.64	0.66	0.67	0.61	0.65	0.69	0.59	0.57
41	48	293	1520	0.71	0.40	0.02	0.64	0.42	0.07	0.61	0.44	0.06	0.59	0.48	0.02	0.60	0.53	0.07	0.39
6	51	224	293	0.74	0.93	0.26	0.78	0.95	0.31	0.69	0.96	0.30	0.69	0.93	0.27	0.68	0.86	0.43	0.15
18	53	296	381	0.86	0.71	0.31	0.99	0.89	0.31	0.94	0.96	0.31	0.82	0.84	0.34	0.67	0.67	0.34	0.46
21	53	418	838	0.76	0.65	0.27	0.75	0.72	0.33	0.78	0.77	0.28	0.74	0.81	0.32	0.72	0.83	0.30	0.36
28	54	241	610	0.77	0.97	0.72	0.79	0.97	0.72	0.83	0.97	0.79	0.88	0.93	0.75	0.90	0.91	0.78	0.30
4	55	401	734	0.80	0.72	0.21	0.76	0.76	0.25	0.80	0.80	0.25	0.87	0.89	0.24	0.87	0.93	0.39	0.19
8	56	98	1520	0.60	0.40	0.43	0.61	0.47	0.46	0.60	0.57	0.45	0.61	0.68	0.46	0.61	0.72	0.48	0.16
22	58	320	381	0.67	0.63	0.11	0.74	0.68	0.15	0.84	0.78	0.17	0.89	0.87	0.13	0.88	0.91	0.29	0.39
34	59	234	548	0.60	0.78	0.57	0.68	0.79	0.62	0.75	0.83	0.60	0.81	0.85	0.61	0.79	0.89	0.64	0.33
31	60	175	432	0.81	0.71	0.40	0.79	0.80	0.45	0.74	0.86	0.47	0.65	0.92	0.40	0.61	0.89	0.58	0.38
32	61	93	149	0.97	0.92	0.48	0.98	0.90	0.52	0.78	0.85	0.57	0.67	0.72	0.52	0.63	0.67	0.58	0.35
37	65	160	810	0.65	0.49	0.03	0.59	0.54	0.04	0.56	0.59	0.05	0.56	0.66	0.08	0.55	0.73	0.13	0.42
14	65	333	729	0.62	0.83	0.43	0.67	0.83	0.48	0.63	0.84	0.45	0.62	0.82	0.46	0.69	0.90	0.46	0.54
3	74	409	800	0.52	0.71	0.77	0.69	0.88	0.81	0.60	0.80	0.84	0.54	0.75	0.80	0.73	0.93	0.83	0.60
25	81	372	518	0.56	0.84	0.20	0.45	0.87	0.21	0.49	0.86	0.30	0.48	0.83	0.25	0.43	0.99	0.26	0.36
40	87	273	570	0.44	0.77	0.33	0.36	0.87	0.34	0.38	0.86	0.34	0.41	0.83	0.36	0.36	0.90	0.51	0.11
36	91	82	335	0.61	0.79	0.22	0.74	0.78	0.27	0.68	0.79	0.28	0.61	0.85	0.26	0.81	0.78	0.38	0.18
39	91	298	458	0.52	0.85	0.20	0.40	0.82	0.22	0.45	0.85	0.22	0.49	0.94	0.22	0.39	0.76	0.29	0.33

Back to article page

ISSN: 1475-925X

Contact us

Submission enquiries: journalsubmissions@springernature.com